Lorsque les aventures de Mulder et Scully s'achèvent, Gilligan rejoint alors l'équipe de Robbery Homicide Division, série policière de Barry Schindel avec le soutien de Michael Mann. Malgré un bel accueil critique, CBS annule le show après sa première saison, laissant Gilligan sans travail jusqu'à l'écriture d'un épisode de Night Stalker, elle aussi très vite arrêtée. En 2007, Gilligan retrouve Frank Spotnitz, avec qui il a collaboré sur Robbery Homicide Division, pour A.M.P.E.D., série autour d'une épidémie s'abattant sur Los Angeles. Mais le scénariste a la poisse ou un mauvais flair, puisque la série ne dépasse pas son pilote. Après avoir co-signé le script du médiocre Hancock avec Will Smith, il est alors temps pour Gilligan de remonter ses manches. Ce qu'il fait en allant voir AMC, chaîne câblée spécialisée dans les classiques américain, mais qui depuis Mad Men s'est lancé dans la production de série télévisée. Il leur pitch l'histoire d'un prof de chimie qui, se sachant atteint d'un cancer en phase terminal, se lance dans la fabrication de méthamphétamine avec un élève de son lycée pour subvenir aux besoins de sa famille. Banco, Breaking Bad devient vite un succès, les prix pleuvent, son originalité et son humour noir séduisent.