En 1987, son roman Prince et Léonardours, qui narre les viols et les tortures subis par deux adolescents amoureux, est menacé d'interdiction par le ministère de l'intérieur, poursuites abandonnées devant les réactions d'intellectuels.En 1988 et en 1989, il accompagne Hervé Guibert à la villa Médicis à Rome. Ce dernier le fait apparaître comme personnage de son roman A l'ami qui ne m'a pas sauvé la vie, sous un autre nom.Le Procès de Jean-Marie Le Pen (1998) raconte la tentative d'un avocat juif homosexuel d'atteindre le chef du Front national lors du procès d'un assassin raciste. Jean-Marie Le Pen obtient la condamnation de l'auteur et de l'éditeur par le tribunal de grande instance de Paris. Le recours de Lindon est rejeté par la Cour européenne des droits de l'homme. En 1999, plusieurs auteurs se déclarent solidaires de Mathieu Lindon, et prêts à reprendre les passages incriminés de son livre, dans une pétition (Béatrix Beck, Edmonde Charles-Roux, Didier Daeninckx, Marie Darrieussecq) ou en-dehors (Christine Angot).En 2007, il a été débouté, ainsi que son éditeur POL et Serge July, par la Cour européenne des droits de l'homme, de leur plainte pour violation du droit à la liberté d'expression, la cour estimant que "la teneur des passages (incriminés) était de nature à attiser la violence et la haine...".
