Flynn Carsen, un étudiant plein d'ambition, n'en revient pas : son professeur lui a ordonné d'abandonner les livres pour apprendre la vie. Obéissant, Flynn se met en quête d'un travail. Il est bientôt embauché dans une bibliothèque, ignorant que ce lieu du savoir est très différent des autres. Sollicité pour rejoindre le mystérieux «ordre des bibliothécaires», Flynn se rend compte que ses nombreuses connaissances ésotériques vont enfin lui être utiles : il est en effet chargé de la protection d'une collection d'objets mystiques et secrets...